1日と1日の間にある隠された時間「影時間」には、異形の怪物「シャドウ」がはびこり、謎の塔「タルタロス」が出現する。街は動きを止め、人々は棺のようなオブジェへと姿を変えてしまう。
影時間のあいだ、主人公たちが通う月光館学園は「タルタロス」と呼ばれる謎の塔に変貌する。
この塔の内部はシャドウの巣窟となっているようだ。
プレイヤーの分身。10年ぶりにかつて暮らした街に戻り、私立月光館学園に転入した高校二年生。幼いころに両親を事故で亡くしている。
主人公の同級生。父親は10年前の事故の首謀者とされる研究者。明るく勝ち気な性格だが、ときとして他者を突き放すような冷たい一面を持つ。
主人公の同級生。転校してきた主人公に気さくに声をかける陽気なお調子者。短絡的な部分も含め、特別課外活動部のマスコット的な存在。
世界有数の多国籍企業である桐条グループを束ねる桐条武治のひとり娘。月光館学園の三年生で生徒会長を務めるブリリアントな人物。
ボクシング部部長を務め、16戦無敗の戦歴を持つ三年生。荒垣とは同じ施設で育った幼馴染であり、強い絆と信頼で結ばれている。
主人公の同級生。成績優秀だがおとなしく後ろ向きな性格。誰かの役に立てる場所を探しており、自ら望む形で特別課外活動部に加入した。
桐条グループがシャドウ暴走に備えて開発した対シャドウ非常制圧兵装シリーズ。人間同様の精神を持ち、ペルソナ召喚を可能とする。
神主の仇敵を討つべく神社にとどまっていた柴犬。
シャドウとの戦闘でペルソナ能力が覚醒し、仲間として分寮で暮らし始める。
月光館学園初等科の生徒。母子家庭で育ったが、事故で母親を亡くしてしまう。自らの復讐を果たすため、特別課外活動部に志願する。
月光館学園の三年生。無愛想ではあるが、責任感が強く世話好きな一面も併せ持つ。かつて美鶴や真田とともに特別課外活動部に所属していた。